20世纪初的日本，坐落于山形县最上川上游的小山村被积雪掩盖。谷村一家团团围坐，贫苦度日。7岁女孩阿信不可以进入课堂，反而被父亲作造命令去木材店帮佣。为了不让母亲和奶奶为难，阿信只得和家人分离。木材店的生活艰苦，阿信吃不饱睡不暖，还被诬陷偷钱，她愤而逃脱，结果在寒风凛冽的山中得到逃脱兵役的猎人俊作的救助。寒冷的冬天，阿信体会到久违的温暖。只不过好景不长，她终将和俊作哥哥分开。即使短暂回到家中，前方路上还有更多的艰苦和考验等待着这个倔强不服输的小女孩。

西元2003年5月，金星相隔3千年后再度与巨大冰状行星冲撞，厚实的碳酸大气层因此遭到破坏，接着地表开始产生酸性海洋，并出现了地球型的大气层。人类随即开始着手金星的地球化以及移民计划，并于2018年（金星历元年）将首批移民团送至伊修塔尔大陆，但由于金星的土地却超乎想像的贫瘠，于是人们又再度为了争夺土地而掀起战端。金星历72年，金星被分割成伊修塔尔与爱芙罗黛蒂两大自治州，第二、三批移民团也相继抵达，独立通信社记者，苏珊．索玛兹亦是其中之一。此时，让金星的人们最感到热衷的就是在爱芙罗黛蒂的首都．伊娥市所进行的机车大赛“绕圈赛”；参赛车队之一的“杀手突击队”在蜜兰达的领导下，希洛、玛姬等人也都有相当优异的表现。某日在比赛的途中，突然出现了数百辆的伊修塔尔重型战车“章鱼”，伊娥市因而遭到占领，希洛等人也遭受到了迫害，后来“杀手突击队”的这群年轻人终于挺身而出，试图抵抗这群侵略者。拯救了希洛的爱芙罗黛蒂军游击队“猎犬”队长．卡兹上尉，送给了希洛一部特殊机车武器“猎犬”。在不安与绝望之中，希洛、玛姬、蜜兰达等人也接连地被卷入这场战争……

外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。