城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰)、拉斐尔(阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰)、多纳泰罗(杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍 Noel Fisher 饰)与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯 Megan Fox 饰)、韦恩·芬威克(威尔·阿奈特 Will Arnett 饰),及面具义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰)并肩作战打击恶徒。在史莱德(布莱恩·泰 Brian Tee 饰)逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼(泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰)及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。
无忧无虑的精灵谷中央,对一切事物都充满好奇心并勇于挑战新鲜事物的小仙子萨瑞娜(克里斯蒂娜·亨德里克斯 Christina Hendricks 配音),被加利仙子派遣管理仙尘。虽然加利仙子再三告诫她严禁篡改仙尘,但终究无法阻挡萨瑞娜踏足未知领域的渴望。受到批评后,萨瑞娜失落地离开精灵谷。一年后,在小精灵的盛大庆典上,萨瑞娜突然返回,她催眠了会场内绝大部分小精灵,并盗走了珍贵的蓝色仙尘投奔海盗。 侥幸逃过一劫的小叮当(梅·惠特曼 Mae Whitman 配音)和伙伴们发现自己的魔法正在流失,为了拯救精灵谷,她们尾随着萨瑞娜踏上新的冒险之旅……