1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。

在 Megatron 试图摧毁他们的一个祖先后，Maximals 被送入了时间风暴。但是帮助来自一个不太可能的盟友，她发现她和 Maximals 在同一条船上。

为了阻止原始兽得到行星盖亚上的神秘能源——阿古莫亚。巨无霸在白狮擎天柱的率领下，与威震天率领的机械军团展开了战斗。

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……

1989 年由迪斯尼改编成电视动画片的前传，引出了电影中的事件。

塞巴斯蒂安辞去了特里顿国王的亲信和顾问的工作，并试图为自己创造新的生活。

Ariel 第一次见到 Scuttle，必须借助他的帮助从一群海盗手中救出 Sebastian。

在追捕热动超级恶棍 Volcana 时，超人得知一个神秘组织也在寻找她。

在他的船上发现 Phantom Zone 投影仪后，超人联系并释放了一名刑期已满的囚犯。

氪星的最后一个儿子作为最伟大的超级英雄保护他的养家地球。