这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方…… 本片根据士郎正宗的原作改编。

不明妖星哥拉斯在茫茫宇宙中不断前进，沿途吸附大量的星际飞行物，不断的变庞大，日本的观测宇宙船隼号，为了探明其质量大小，不幸被一起吸附，但是其在最后关头向地球发出了其质量数据，使地球上的人对其有了个初步认识，后经科学家计算测定，其质量为地球的６１００倍，而且将在４５天后与地球相撞。　　为阻止地球与哥拉斯的相撞，科学家想出了一个大胆的办法，就是运用水素离子装置在南极造一个喷射基地（类似与火箭发射器），让地球动起来，在哥拉斯到来之前，使地球移动到其他轨道．等哥拉斯安全通过后，然后在北极在建个基地，使地球在回到原来的预定轨道。　　计划实施的非常顺利，全世界各国在国联的带领下在南极建立了基地，但是由于在南极建造基地，在火焰发生器的作用下让长眠在南极的海象怪兽苏醒了，并破坏了一部份基地，后来，在飞机导弹的攻击下，怪兽死了，但由于怪兽的破坏，火箭发生器推迟了时间，到底地球能不能脱离哥拉斯的吞噬呢？

人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程……

平凡青年谷口正义（千叶雄大 饰）加入日本电视台已经第三个年头，他在早间一档节目组工作，但是长久以来失误不断，工作没有任何起色。谷口的童年好友辻村祐子（山本美月 饰）也在这家电视台担任播报员，他始终喜欢这个美丽的女孩，无奈无法坦然将心中所想说出口。某天，谷口用取材路上捡到的玻璃做了一副眼镜，谁知却因此获得了媲美超人的强大能力。在神秘力量的鼓舞下，他决定以超级英雄的身份做点儿什么。在此期间，谷口偶然得知15年前因交通事故死亡的父亲真一郎（要润 饰）去世的真相。当他准备追查真凶的时候，意外在祐子的身上发生了……

2045 年，控制论雇佣兵草薙元子回到第 9 区，面对一个危险的新威胁：后人类。攻壳机动队第一季的长篇剪辑版：SAC_2045。

亚斯娜和伙伴们会玩的这个游戏，桐人也准备参战了。。。。

喜一和基一（市原隼人 分饰）是一对双胞胎兄弟，弟弟喜一聪慧过人，人缘极佳；哥哥基一迷恋摇滚，成绩超差。这年暑假，喜一与女友相约出国旅游，因而拜托哥哥偷梁换柱，代替他参加学校组织的素粒子物理学的学术报告会。不过他的首要任务就是劝说窝在家中的天才少女沙罗华（谷村美月 饰）一同前来。 　　沙罗华是母亲通过试管受精降生到这个世上来的，她继承了科学家父亲的优秀基因，年纪轻轻便设计出巨型的粒子对撞机，被世人称为天才少女。但她似乎对周遭的一切都漠不关心，不着调的基一那句“是否能创造宇宙”的闲话令沙罗华心有所动。在学术报告会上，两人结成研究小组，开始了创造宇宙的不可能任务……

未来某星球上（大概是地球）的人类全部被机器人奴役，并为它们开采矿物，一名叫做奥林的年轻奴隶经过奇妙的启示，在“剑柄”的指引下开始反抗之旅，并在一名酷酷的赏金猎人、一名美丽的人类贵族女孩和一名性感可爱的女机器人的帮助下，最终带领人类奴隶推翻机器人残暴统治的故事。

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。 　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 　　如今，冒险再度进化……

在网路上，突然出现了一隻数码蛋，这隻蛋破壳后，出生了一隻数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……